С 2020 года Центр экспертизы и контроля качества медицинской помощи Минздрава России участвует в реализации наиболее масштабного проекта цифровизации здравоохранения – в разработке и внедрении вертикально интегрированных медицинских информационных систем (ВИМИС). Основная цель ВИМИС – информационная поддержка вертикали организации медицинской помощи для повышения эффективности по каждому профилю на всех уровнях – от медицинских организаций до Министерства здравоохранения. В настоящее время ВИМИС развивается по направлениям: «Онкология», «Сердечно-сосудистые заболевания», «Акушерство, гинекология и неонатология», «Профилактическая медицина», «Инфекционные заболевания».

Сотрудники Центр экспертизы и контроля качества медицинской помощи Минздрава России являются членами Рабочих групп Минздрава России по внедрению и разработке ВИМИС по всем существующим направлениям.